Calmette sinh ra ở Nice, Pháp. Ông mong muốn trở thành thầy thuốc phục vụ cho Hải quân, vì thế ông đã vào trường Y tế Hải quân ở Brest vào năm 1881. Năm 1883, ông bắt đầu phục vụ trong Vụ Y tế Hải quân tại Hồng Kông, nơi ông nghiên cứu bệnh sốt rét, đến năm 1886 ông nhận học vị tiến sĩ với đề tài này. Sau đó ông phục vụ ở Tây Phi, tại Gabon và Congo, tại đây ông tiếp tục các nghiên cứu về sốt rét, bệnh ngủ và bệnh pelagrơ.

Trong thời gian trở về Pháp năm 1890, Calmette đã gặp Louis Pasteur (1822-1895) và Emile Roux (1853-1933), là giáo sư dạy ông về khóa học trong vi khuẩn học. Ông đã trở thành hội viên và được Pasteur giao trách nhiệm xây dựng và chỉ đạo một chi nhánh của viện Pasteur tại Sài Gòn, Đông Dương vào năm 1891. Tại đây, ông đã cống hiến cuộc đời mình cho những ngành mới ra đời của độc tính học, mà chúng có mối tương quan quan trọng với miễn dịch học. Ông nghiên cứu nọc độc của rắn và ong, nhựa và các chất độc của thực vật. Ông cũng tổ chức sản xuất các vắc xin chống bệnh đậu mùa, bệnh dại và thực hiện nghiên cứu về bệnh tả, cũng như sự lên men của thuốc phiện và gạo.

Năm 1894, ông trở lại Pháp một lần nữa và phát triển kháng độc tố đầu tiên, chống các vết cắn của rắn độc bằng cách sử dụng huyết thanh miễn dịch lấy từ các con ngựa đã được tiêm chủng vắc xin (huyết thanh Calmette). Ông cũng tham gia vào việc phát triển huyết thanh miễn dịch đầu tiên chống dịch hạch, dựa trên phát hiện của Alexandre Yersin (1863-1943) về tác nhân gây nhiễm của nó là Yersinia pestis, sau đó ông đến Bồ Đào Nha để nghiên cứu để chống bệnh dịch ở Oporto.

Albert Calmette đi đến kết luận rằng, một động vật có thể miễn dịch đối với vết rắn cắn bằng cách tiêm cho động vật đó một liều lượng nọc cực nhỏ và sau đó tăng dần liều lượng. Động vật bị rắn độc cắn có thể cứu sống nếu được tiếp huyết thanh của sinh vật miễn dịch. Ngày nay, phát hiện này vẫn là cơ sở của quá trình sản xuất các loại thuốc chống nọc rắn.

Năm 1895, Roux giao cho ông làm giám đốc chi nhánh của viện Pasteur ở Lille, là nơi ông đã làm việc trong 25 năm tiếp theo. Năm 1909, ông đã giúp đỡ để thành lập chi nhánh của viện tại Algérie. Năm 1901, ông đã thành lập phòng khám chữa bệnh lao đầu tiên tại Lille, và đặt tên cho nó là Emile Roux. Năm 1904, ông thành lập Ligue du Nord contre la Tuberculose (Liên đoàn phòng chống bệnh lao miền bắc), là tổ chức tồn tại đến nay. Năm 1918, ông nhận vị trí trợ lý giám đốc của viện tại Paris.